Perjalanan
panjang sebelum menjadi IAKN Ambon dimulai dari
adanya PGA (PENDIDIKAN AGAMA KRISTEN) dan pada tahun 1992 oleh instruksi
Dinas Pendidikan maka PGA diharuskan untuk terakhir kalinya menerima siswa baru karena sejalan dengan itu PGA mesti ditutup,
Seiring
berjalannya waktu, maka dibentuklah LPTK (LEMBAGA PENDIDIKAN TINGGI KRISTEN)
lahir Tahun 1993 dan Dipimpin Drs. E. Rugebregt untuk Menyelenggarakan program
D2/D3 dan ujian negara Afiliasi dengan UKIM.
Pada
Tahun 1997 LPTK menjadi APTK ( AKADEMI PENDIDIKAN TENAGA KEGURUAN) dan pada
bulan Maret 1997 Resmi menjadi APTKN dengan Th. Heumasse SH sebagai Direktur
1
tahun berjalan dan tahun 1998 APTKN berubah menjadi APGAKPN ( AKADEMIK
PENDIDIKAN GURU AGAMA KRISTEN NEGERI) yang diresmikan langsung oleh Tarmizi
Taher yang adalah Menteri Agama RI dan mengangkat Drs. Listen Sirait sebagai Direktur.
Seiring
dengan waktu dan bahkan di tengah-tengah konflik sosial yang berdampak langsung pada masyarakat kota
Ambon yang terjadi pada Januari 1999, dan ditahun yang sama itu pula terbit SK
Presiden RI untuk peningkatan status dari APGAKPN menjadi menjadi Sekolah
Tinggi Agama Kristen Protestan Negeri (STAKPN) Ambon, dan tanggal 25 April 2000
di resmikan oleh Menteri Agama RI Toha Hassan, dengan diterbitkannya KEPRES No
19 Tahun 1999 Tentang Pendirian STAKPN Ambon, PMA No 86 Tahun 1999 Tentang
Ortaker STAKPN Ambon, PMA No 155 Tahun 1999 Tentang STATUTA STAKPN Ambon, dan
dipimpin oleh seorang Ketua. (Plh) Ketua R. Souhaly, SH, sampai pada tahun
2003, Ketua STAKPN AMBON defenitif ditetapkan kembali kepada R. Souhaly, SH, periode
tahun 2003 s/d tahun 2007, tahun 2007 s.d. tahun 2011.
Pada
tahun 2012 seiring berahirnya masa kepemimpinan R.Souhaly SH.MH, maka
berdasarkan STATUTA STAKPN Ambon, Ketua STAKPN Ambon yang baru dipilih melalui
Rapat SENAT Perguruan Tinggi dan Terpilihlah Dr. Agusthina Christina Kakiay,
M.Si menjadi Ketua STAKPN Ambon Hingga STAKPN Ambon ditingkatkan statusnya
menjadi INSTITUT AGAMA KRISTEN NEGERI (IAKN) AMBON berdasarkan SK Presiden RI tanggal
8 Agustus 2018 dengan diterbitkannya
KEPRES No 12 Tahun 2018 Tentang Pendirian IAKN Ambon, PMA No 18 Tahun 2018
Tentang Ortaker IAKN Ambon, PMA No 22 Tahun 2018 Tentang STATUTA IAKN Ambon dan
secara resmi IAKN Ambon diresmikan oleh menteri agama LUKMAN HAKIM SAIFUDDIN
pada tanggal 27 Oktober 2018 dan Dr. A.Ch. Kakiay, M.Si sebagai Rektor.
Demikian
sejarah singkat sejarah berdirinya Institut Agama Kristen Negeri Ambon.