Setiap tanggal 17 bulan berjalan, IAKN Ambon melaksanakan Penghormatan Bendera Merah Putih dan Doa dalam rangka memupuk komitmen kebangsaan Aparatur Sipil Negara (ASN). Seluruh ASN dalam lingkup IAKN Ambon wajib mengambil bagian dalam kegiatan ini, karena kegiatan ini dilaksanakan sesuai dengan Instruksi Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 2 Tahun 2021 serta dilaksanakan diseluruh lembaga dan institusi yang bernaung dibawah Kementerian Agama RI.
Rektor IAKN Ambon yang bertindak sebagai Pembina Upacara dalam amanatnya menyampaikan, “Kita mesti memaknai Nasionalisme sebagai kebersamaan dan komitmen kebangsaan. Ini mesti diintegrasikan dalam tugas dan tanggungjawab kita bersama di Kementerian Agama. Kita bertanggungjawab untuk saling mensupport, dimulai dari rasa cinta pada lembaga”.
Upacara yang dilaksanakan di Lapangan Upacara IAKN Ambon turut dihadiri para Wakil Rektor, para Dekan dan seluruh ASN dan Non ASN dalam lingkup IAKN Ambon.