IAKN Ambon memperkuat komitmennya dalam mewujudkan Tri Dharma Perguruan Tinggi dengan melakukan penandatanganan kerjasama dengan Universitas Kristen Duta Wacana (UKDW) Yogyakarta. Dalam rangkaian acara tersebut, dilakukan Penandatanganan Memorandum of Understanding (MoU) untuk mengimplementasikan kerjasama di berbagai bidang, termasuk Pendidikan dan Pengajaran, Penelitian, Pengabdian kepada Masyarakat, dan bidang lainnya yang telah disepakati.
Penandatanganan MoU ini dilakukan oleh Prof. Dr. Yance Zadrak Rumahuru, M.A., Rektor IAKN Ambon, dan Dr. -Ing. Wiyatiningsih, S.T., M.T., Rektor UKDW Yogyakarta. IAKN Ambon dan UKDW sepakat untuk menggalang sinergi dalam meningkatkan kualitas pendidikan dan pengembangan ilmu pengetahuan.
Selain itu, kerjasama juga diperkuat melalui Penandatanganan Memorandum of Agreement (MoA) antara Fakultas Ilmu Pendidikan Kristen (FIPK), Fakultas Ilmu Sosial Keagamaan (FISK) IAKN Ambon dengan Fakultas Teologi UKDW Yogyakarta di bidang Pendidikan dan Teologi. MoA ini bertujuan untuk mengembangkan kualitas pendidikan Kristen serta pengembangan ilmu Teologi.
Penandatanganan MoA dilakukan oleh Pdt. Robert Setio, Ph.D., Dekan Fakultas Teologi UKDW, dan Febby Nancy Patty, D.Th., M.Th., Dekan Fakultas Ilmu Sosial Keagamaan IAKN Ambon. Dalam perjanjian tersebut, mereka sepakat untuk melakukan pengembangan ilmu Teologi melalui kegiatan perkuliahan, penelitian, dan peningkatan kualitas staf pengajar.
Sementara itu, dengan Fakultas Ilmu Pendidikan Kristen (FIPK) IAKN Ambon, MoA juga ditandatangani untuk meningkatkan kualitas pendidikan Kristen. Penandatanganan MoA ini melibatkan Dr. Agusthina Siahaya, M.Th., Dekan Fakultas Ilmu Pendidikan Kristen IAKN Ambon, dan Pdt. Robert Setio, Ph.D., Dekan Fakultas Teologi UKDW Yogyakarta.
Dalam MoA tersebut, mereka sepakat untuk mengembangkan ilmu Pendidikan Kristen melalui kegiatan perkuliahan, khususnya di bidang Pendidikan Agama Kristen, Bimbingan Konseling, Pendidikan Anak Usia Dini, Teknologi Pendidikan, Pendidikan Bahasa Inggris, dan Pendidikan Sosiologi.
Bentuk kerjasama yang akan dilakukan di bidang penyelenggaraan pendidikan dan pengajaran mencakup pertukaran dosen, kuliah umum, studi lanjut dosen, penyelenggaraan seminar, pelatihan, bedah buku, workshop, diskusi publik, pertukaran artikel jurnal ilmiah, serta penelitian bersama antar institusi. Semua ini bertujuan untuk memberikan kontribusi positif dalam meningkatkan mutu pendidikan dan pengajaran di kedua institusi.