IAKN Ambon telah mengalami perjalanan panjang, pasang surut dan dinamika yang mengitarinya dan membentuknya menjadi salah satu perguruan tinggi negeri berbasis keagamaan di Indonesia dan provinsi Maluku. Dimulai dengan pendirian Akademi Pendidikan Tenaga Keguruan Agama Kristen (APTK-AK) sampai penegeriannya di tahun 1997 dan menjadi Akademi Pendidikan Guru Agama Kristen Protestan Negeri (APGAKPN) Ambon, kemudian di tahun 1999 mengalami peningkatan status menjadi Sekolah Tinggi Agama Kristen Protestan Negeri (STAKPN) Ambon, dan pada 27 Oktober 2018 meningkat lagi statusnya menjadi Institut Agama Kristen Negeri (IAKN) Ambon.Civitas Akademika IAKN Ambon merayakan Dies Natalis ke-4 penuh hikmat dan sukacita, yang di awali dengan acara kebaktian yang dipimpin oleh Pdt. Dody KesaulyaS.Si serta acara Cerimonial di Gedung Auditorium IAKN Ambon. Kegiatan yang ikuti oleh seluruh Civitas Akademika IAKN Ambon ini begitu menunjukan Spiritnya sebagai kampus harmoni dalam keragaman yang mana menampilkan berbagai pertunjukan seni dari berbagai daerah di Indonesia.
Dalam Laporannya, Ketua panitia Dies Natalis IAKN Ambon ke-4 Dr. Onisimus Amtu, M.Pd, menyampaikan bahwa, Kegiatan ini diawali dengan pencanangan oleh Rektor IAKN Ambon pada 30 September 2022, dilanjutkan dengan menyelenggarakan beberapa jenis perlombaan seni dan olahraga yang melibatkan dosen, pegawai maupun mahasiswa, tetapi juga masyarakat luas. Ketua Panitia menambahkan bahwa kegiatan-kegiatan tersebut bukan semata-mata untuk meramaikan suasana HUT IAKN Ambon saja tetapi juga sebagai bentuk sosialisasi dan promosi IAKN Ambon.
Rektor IAKN Ambon Prof. Dr. Yance Z. Rumahuru MA. dalam sambutannya mengatakan bahwa “4 Tahun IAKN Ambon saya maknai sebagai kesempatan yang telah Tuhan berikan untuk melakukan pengembangan atau transformasi keilmuan dan pemantapan kelembagaan, Rektor Optimis, dengan sinergitas dan integritas seluruh Civitas Akademika IAKN Ambon pada tahun 2023 IAKN Ambon ditargetkan dapat bertransformasi menjadi Universitaa Kristen Negeri Ambonâ€. Rektor menambahkan bahwa, tenaga kependidikan dan pendidik di IAKN Ambon akan melakukan yang terbaik untuk keberhasilan mahasiswa baik itu prestasi akademik maupun non akademis.
Rektor juga berterima kasih kepada Alumni sekaligus Panitia Dies Natalis ke-4 IAKN Ambon yang telah dengan sukses menyelenggarakan perayaan Dies Natalis ke-4 mulai dari kegiatan menyongsong sampai puncaknya hari ini.